Im November 1998 wurde die deutlich modernisierte dritte Baureihe des Subaru Legacy eingeführt, wobei die Produktion der vorigen Generation noch bis März 1999 weiterlief.

• Legacy GL (Grundausstattung mit 2,0-Liter-Motor und 92 kW/125 PS)
• Legacy GX (bessere Ausstattung mit 2,5-Liter-Motor und 115 kW/156 PS)
• Legacy GT (Vollausstattung mit 2,0-Liter-Twin-Turbo-Motor und 206 kW/280 PS) nicht auf dem deutschen Markt.
• Legacy GT-B ist eine erweiterte Version des Legacy GT, das „B“ im Namen weist auf das serienmäßig verbaute Bilsteinfahrwerk hin
• Legacy Outback (höhergelegte Offroad-Version mit 2,5-Liter-Motor und 115 kW/156 PS, ab Frühjahr 2000 auch mit 3,0-Liter-Motor und 154 kW/209 PS)

Die Leistung der Motoren wurde angehoben und mit dem Frühjahr 2000 eingeführten Outback H6 3.0 kam erstmals ein Sechszylinder-Boxermotor beim Legacy zum Einsatz. Die 2,5-Liter- und 3-Liter-Automatikmodelle erhielten in der Kombiversion eine Fahrdynamikregelung mit der Verkaufsbezeichnung VDC.